Viện NTTS tham gia dự án “Nâng cao năng lực đào tạo ngành thủy sản cho khu vực Đông Nam Á, hướng tới phát triển bền vững”, mã số: 586144-2017. Dự án thuộc chương trình Erasmus Plus Nâng cao năng lực giáo dục đại học (CBHE), tiểu chương trình 2 (key action 2) do Cơ quan Phát triển Văn hóa, Nghe nhìn và Giáo dục triển khai thực hiện (The Education, Audiovisual and Culture Executive Agency – EACEA) dưới sự tài trợ của Ủy ban Châu Âu (EC). Tham gia dự án có các trường Đại học của Châu Âu (Ostfalia University of Applied Sciences, Đức, đơn vị chủ trì; Link Campus University, Italia; University of Wolverhampton, Anh; Galway Mayo Institute of Technology, Ireland,; Alternative aquaculture association of Lithuania, Thái Lan có 2 trường tham gia (Maejo University và Khon Kaen University, phía Việt Nam có các trường Đại học Nha Trang; Đại học Nông Lâm TpHCM, Đại học Thái Nguyên và Viện Hải Dương học.
Mục tiêu dự án nhằm nâng cao năng lực đạo tạo ngành Nuôi trồng thủy sản cho khu vực Đông Nam Á thông qua việc xây dựng/nâng cấp các chương trình đào tạo NTTS hiện có, trong đó coi trọng việc quản lý môi trường.
Các hoạt động chính của dự án gồm: Cập nhật các chương trình khung NTTS hiện có thông qua việc đưa một số môn học liên quan đến quản lý môi trường trong nuôi trồng thủy sản vào chương trình; Xây dựng chương trình khung đào tạo thạc sĩ về quản lý môi trường trong các doanh nghiệp nuôi thủy sản; Phát triển các khóa học đào tạo từ xa trong lĩnh vực thủy sản; Xây dựng mạng lưới giáo dục khu vực hoặc toàn cầu để phát triển đào tạo thủy sản.