Cơ sở vật chất phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học được thực hiện tại:
- Hệ thống giảng đường: đa dạng về kích thước phòng, trang thiết bị phục vụ giảng dạy.
- Hệ thống các phòng thí nghiệm – thực hành: phòng kính hiển vi; Phòng TT Môi trường; Phòng TT Bệnh học thủy sản; Phòng TT Sinh lý – sinh thái; Phòng TH Dinh dưỡng và thức ăn; Phòng TN Hóa – Vi sinh.
- Phòng Vi tảo – do Bộ môn quản lý.
- Hệ thống Trung tâm và Trại sản xuất thủy sản: Trung tâm Nghiên cứu Giống và Dịch bệnh thủy sản; Trại Cam Ranh (hải sản) và Trại Ninh Phụng (thủy sản nước ngọt).
- Hệ thống nuôi lồng bè trên biển của các công ty/doanh nghiệp và người dân (phối hợp).